Knikkend nagelkruid komt van nature in Nederland nog maar op een handjevol plekken voor. Je vind hem op licht beschaduwde plekken in open vochtige bossen met gebufferde bodems. Deze omstandigheden komen door verdroging en stikstof depositie steeds minder voor waardoor de soort maar moeilijk stand houd. Knikkend nagelkruid wordt druk bezocht door diverse soorten wilde bijen.